Vakum (negatif basınç) transport sistemleri malzemelerin birçok noktadan tek bir hatta çekilmesi amacıyla sıkça kullanılırlar. Besleme elemanları boyunca basınç değişimi olmayacağından çok noktadan ortak bir hatta besleme yapmanın pek fazla bir problemi yoktur. Bunun sonucu olarak hücre tekeri veya vidalı besleme elemanı, pozitif basınçlı sistemlere oranla, negatif basınçlı sistemlerde daha ucuz birer çözüm olacaklardır.
Malzemelerin üstü açık silolardan ve stoklardan çekilmesi için de negatif basınçlı sistemler kullanılır. Bu emiş nozülleriyle sağlanır. Vakum transport sistemlerinin diğer bir avantajı da sistemdeki kaçakların sistem içine giren gazlardan ibaret olması nedeniyle toz malzemelerin dışarıya kaçmamasıdır. Bu özellik, zehirli-patlayıcı malzemelerin olduğu koşullarda veya çevresel faktörlerin değerlendirilmesi gereken durumlarda önem kazanır.
